《水浒》在中国古典著作中地位非凡，一书便可阅尽一切官场、草莽、奸计、谋略、侠义、背叛、兄弟、女性、恩仇、悲欢、生死、聚散，且兼有《西游》的叛逆到归顺、《红楼》的繁荣到散尽、《三国》的割据到自封，可以说详尽了水浒便也参透了人生诸多哲理。
而98央视版《水浒传》，更是水浒相关改编剧集的经典中经典。武林鲁等多个好汉选角跟小说里的感觉别无二致，尤其丁海峰饰演的武松，头陀扮相威风冷峻，让人望而却步，真就“如同天上降魔主，真是人间太岁神”。
这版《水浒传》中也有一些取舍和改编，部分主线只是匆匆带过，像是董平、关胜、秦明、张清等大将的归顺压根没有提及，偏向玄学色彩的洪太尉误走妖魔、公孙胜斗法高廉、罗真人法术戏李逵、九天玄女托梦宋公明等也都被一一避讳。总体来看，98版《水浒传》在原著上做的改动还不少。
1.鲁达救金翠莲
原著中，鲁达遇到金翠莲父女时，在和李忠、史进在一起喝酒，鲁达准备施舍钱财给金家父女，便问李忠、史进讨要银子，同时苛责李忠给的太少。98版电视剧中改为了鲁达和史进二人喝酒，讨要银子时是史进给的少而被鲁达再次索求。
2.鲁智深大闹五台山
原著中，鲁智深大闹五台山确实是顽固不化咎由自取，贪酒成性也就一直成了他前半生的写照。而98版电视剧中，这部分改为了鲁智深遭遇其他和尚的引诱算计，这才着了道饮酒误事，电视剧中更凸显了鲁智深的憨厚可爱。
3.高衙内调戏林娘子
在原著里林娘子被陆谦一手安排骗至自己家中，以供家中早已潜伏的高衙内赏玩。林冲知情后冲入陆谦家，第一反应是怕惹事先拍门大呼娘子，以给高衙内跳窗逃跑的时机，给彼此台阶下。原著中诸多人物内心都挺复杂，在98版《水浒传》就设计的简单利落，林冲被改为直接破门而入。
4.林冲杀高俅
原著中高俅战败被俘上山，林冲在旁仅怒目而视，并未有意欲杀高的行为，只因他心中依然对朝廷抱有幻想和对强权的忌惮，后来也是征方腊后病死在六和寺而非气死。98版中为了凸显戏剧冲突，林冲屡屡要杀高俅都被宋江阻拦，最终早早悲愤而终，引导了观众对林冲的同情更深一层。
5.杨雄捉奸
电视剧里杨雄之妻潘巧云与和尚裴如海奸情是缘于石秀抓到了偷看的时迁才知情，而原著里是石秀自己怀疑并发现到的。
6.时迁盗宝甲
原著中和时迁一起去偷徐宁雁翎圈金甲的是金钱豹子汤隆，因为98版对汤隆的人物毫无刻画，因此改为了当初和时迁一起上山的杨雄。
7.卢俊义弑妻
在原著中，卢俊义的夫人李氏是和管家李固狼狈为奸坑害卢员外，被卢俊义所杀。电视剧里，卢俊义的夫人李氏知道卢俊义落草的真实情况后先杀了李固，随后乞求卢俊义带她走，卢俊义不允，夫人只好自杀而亡。
8.宋江平叛
在剧集中梁山好汉基本都是命陨征方腊的途中，原著中关于征辽、战淮西王庆、平河北田虎的剧情都无从体现，而是被集中体现在攻打江南方腊的一场战役里。
9.王英及扈三娘之死
原著中扈三娘是被方腊麾下的郑彪用镀金铜砖砸死，王英是被郑彪作法后斩杀。而98版王英是被方貌刺死，扈三娘是被方貌的马踩死。（98版对于法术系的将领都做了省略，其实加上现在的工业技术这些桥段拍出来会很精彩）
10.燕青打擂
燕青在泰山打擂的桥段，原著中确实没电视剧改编的这般戏剧性。电视剧中，燕青和李逵遇到一同来打擂的“九天飞龙”庞万春（原著中绰号“小养由基”）与妹妹庞秋霞，四人在客栈中偶遇的情景像极了武侠电影。四人后来各为其主，宋江征讨方腊时不得不化友为敌，李逵心中惦念的庞秋霞是粗狂的李逵唯一细腻的感情线。
11.方腊议和
在剧集中，增加了宋江书信求方腊“议和”的情节。在涌金门前二人初见意见不和，二次求和张顺涌金门前阵亡。宋江骂方腊“不识时务，私欲过重”，方腊骂宋江“将兄弟卖给朝廷”，各执其理，议和不成终转为大决战。
12.擒方腊
在原著中，方腊战败逃跑途中，到山坳的一处草庵觅食，正遇到追赶而来的鲁智深，被鲁智深一禅杖打倒，给捆了个结结实实，也应了那句“逢夏而擒，遇腊而执”。受到民间水浒戏《定江南》的影响，98版中顺应了民间戏曲中的认知，改为了武松单臂擒方腊。武松的光环便也更加一层。
13.吴用、花荣之死
98版剧集中，花荣为宋江试毒酒而死，李逵知是毒酒而饮之，三人同处屋内身亡，吴用感伤，回到梁山自缢身亡。在原著中宋江李逵先饮毒酒（李逵饮后才知有毒）命丧蓼儿洼，吴用、花荣被宋江、李逵托梦赶到楚州南门外的蓼儿洼，见二人坟冢大悲，为报宋江恩德，也先后自缢身亡——正是“红蓼洼中客梦长，花荣吴用苦悲伤。一腔义烈原相契，封树高悬两命亡。”
14.燕青与李师师私奔
原著并未明说李师师的结局，只在第一百二十回宋公明神聚蓼儿洼中提及，宋徽宗在李师师处寻欢，睡梦中遇到宋江喊屈，李师师劝皇帝给宋江清白。而在98版中，李师师抛下御香楼追随燕青，两人乘船浪迹天涯，算是给悲凉的结局增添一处完美收尾。